我院小儿呼吸专科拟公开招标科研项目“高通量测序”,参数及要求如下,有意参加竞标者请携带有效证件“营业执照、税务登记证、组织机构代码证、医疗器械经营许可证、产品注册证、生产许可证(生产厂家证件)、授权书(授权单位证件)、法人授权及投标人身份证复印件”等相关证件7天内与设备科联系。 “第二代高通量测序”招标公告 参数要求: 1、环境样品DNA提取和质控。
2、设计PCR扩增引物以及tag序列。
3、进行PCR扩增和纯化。
4、使用TBS-380荧光计对PCR产物进行定量并均一化混匀。
5、IlluminaMiseq PE250/PE300测序(需保证PCR产物大小在300-500bp之间)。
6、生物信息分析:完成以下的分析内容。
(1)优化序列统计:根据样品barcode(标签序列)提取有效测序,序列中含有特异性扩增引物,长度大于可供分析标准的序列称为优化序列。
(2)各样本序列数目统计。
(3)OUT生成:根据序列的相似性,将序列归为多个OTU(操作分类单元),以便后续分析。
(4)稀释曲线:根据第(3)条中获得的OTU数据,做出每个样品的Rarefaction曲线。
(5)指数分析:计算各个样品的相关分析指数,包括丰度指数、多样性指数。
(6)样品OTU分布及分类学信息:OTU产生后,统计各个样品含有OTU情况及每个OTU中含有序列的数目。同时,将所有序列与Silva库比对,得到序列的分类学信息。通过寻找最近祖先方法,得到每个OTU的分类学信息。
(7)Shannon-Wiener曲线。
(8)Rank_Abundance Curve。
(9)Specaccum物种累积曲线。
(10)OTU比较venn图。
(11)多样品对比树状图。
(12)样品群落结构分析柱状图。
(13)样品聚类树与柱状图组合分析。
(14)PCA分析。
(15)常规Heatmap图。
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