“第二代高通量测序”招标公告 我院呼吸科拟公开招标第二代高通量测序项目，参数如下，有意参加竞标者请携带有效证件“营业执照、税务登记表、组织机构代码证、医疗器械经营许可证、产品注册证、生产许可证（生产厂家证件）、授权书（授权单位证件）、法人授权及投标人身份证复印件”等相关证件7天内与设备科联系。
参数要求：
1、环境样品DNA提取和质控。
2、设计PCR扩增引物以及tag序列。
3、进行PCR扩增和纯化。
4、使用TBS-380荧光计对PCR产物进行定量并均一化混匀。
5、IlluminaMiseq PE250/PE300测序（需保证PCR产物大小在300-500bp之间）。
6、生物信息分析：完成以下的分析内容。
（1）优化序列统计：根据样品barcode（标签序列）提取有效测序，序列中含有特异性扩增引物，长度大于可供分析标准的序列称为优化序列。
（2）各样本序列数目统计。
（3）OUT生成：根据序列的相似性，将序列归为多个OTU（操作分类单元），以便后续分析。
（4）稀释曲线：根据第（3）条中获得的OTU数据，做出每个样品的Rarefaction曲线。
（5）指数分析：计算各个样品的相关分析指数，包括丰度指数、多样性指数。
（6）样品OTU分布及分类学信息：OTU产生后，统计各个样品含有OTU情况及每个OTU中含有序列的数目。同时，将所有序列与Silva库比对，得到序列的分类学信息。通过寻找最近祖先方法，得到每个OTU的分类学信息。
（7）Shannon-Wiener曲线。
（8）Rank_Abundance Curve。
（9）Specaccum物种累积曲线。
（10）OTU比较venn图。
（11）多样品对比树状图。
（12）样品群落结构分析柱状图。
（13）样品聚类树与柱状图组合分析。
（14）PCA分析。
（15）常规Heatmap图。
联系人：杜老师 |